Уже в 2004 году «РЖД-Партнер» стал первым и единственным СМИ в Координационном совете по транссибирским перевозкам, а также вошел в Ассоциацию морских портов. Наряду с конференцией РТУ начали развиваться и другие публичные форматы: проводились семинары, выпускались англоязычные приложения, журнал получал профессиональные награды. Ключевым рубежом стал 2007 год — издание перешло на двухразовый выпуск в месяц, что значительно повысило его оперативность. Одновременно усиливался аналитический уровень публикаций.
С середины 2000-х годов железнодорожный рынок начал меняться в сторону частично либерализованной модели. Появлялись частные операторы подвижного состава, создавались новые логистические компании, развивался институт железнодорожных экспедиторов. На первый план вышли такие игроки, как ПАО «ТрансКонтейнер» , АО «НефтеТрансСервис», ООО «БалтТрансСервис», АО «ПГК», АО «ФГК» и другие.
Редакция продолжала внимательно отслеживать ход реформирования железнодорожной отрасли, в том числе процессы внутри РЖД. Несмотря на то, что отдельные аспекты корпоративных преобразований не всегда были в фокусе интереса основной аудитории, журнал системно освещал создание Первой грузовой компании, роль ЦФТО, формирование вертикально интегрированных структур и другие принципиальные изменения. Редакция исходила из понимания стратегической значимости этих процессов для рынка.
На страницах «РЖД-Партнера» формировалась новая тема — рынок операторских услуг. Журнал брал интервью у руководителей компаний, анализировал структуру парка, оценивал состояние конкуренции, публиковал экспертные прогнозы по грузообороту и ценовой политике. Это стало особенно важно на фоне активной тарифной реформы и начала практики долгосрочных договоров за доступ к инфраструктуре.
В этот же период была четко определена целевая аудитория издания. Помимо грузовладельцев, важнейшей группой стали компании-операторы. В журнале появилась рубрика «Оператор», где регулярно публиковались материалы как о крупных, так и о небольших компаниях, их проблемах и достижениях. Операторы активно выступали на страницах издания и размещали рекламу, что даже породило мнение о «РЖД-Партнере» как об операторском журнале. Не случайно именно в этом издательстве вышла книга об операторском бизнесе, а профильная конференция проводится до сих пор.
Как отмечает Владимир Прокофьев, на протяжении всей истории знакомства и сотрудничества команда проекта неизменно проявляет себя как профессиональный игрок рынка отраслевых СМИ. Главное и очень ценное правило, которого придерживается «РЖД-Партнер», — всегда создавать возможности для того, чтобы были услышаны мнения и позиции всех участников транспортного процесса.
«Моя компания была в числе первых 14, которые получили статус операторов и перевозчиков. На тот момент первый заместитель министра путей сообщения России Александр Целько вручил руководителям компаний первые удостоверения, давшие официальное признание МПС. Через несколько дней на собрании мы учредили Ассоциацию, меня избрали президентом. Вполне естественно, что в печати я появлялся часто», — вспоминает Владимир Николаевич.
Появление частных операторов было первой ласточкой большой реформы железнодорожного транспорта. В.Прокофьев рассказал о своем участии в комиссии по реформированию железнодорожного транспорта, работавшей под руководством академика Александра Некипелова. Это был долгий процесс обсуждений с участием представителей РЖД, Министерства путей сообщения, ФАС, Министерства экономического развития и торговли РФ.
«Главный вопрос, с которого все начиналось, был в выделении вагонной составляющей. Много копий сломали мы об него. Операторы просили, даже требовали выделения вагонной составляющей на уровне 30%, по-моему. Железная дорога была готова на 8%. В итоге нашли компромисс — 14%. Но благодаря тому решению Россия на сегодня имеет самый молодой парк и, к сожалению, избыточный. В целом же реформирование получилось несколько половинчатым. Мы также долго боролись за то, чтобы выделить локомотивную составляющую. Но добиться разрешения на использование своих локомотивов удалось только двум компаниями — «БалтТрансСервис» и «Трансойл». Однако каждый год мы вынуждены просить продлить разрешение телеграмм на использование собственных локомотивов», — рассказывает В.Прокофьев.
«РЖД-Партнер», по его словам, активно участвовал во всех мероприятиях, касающихся обсуждений будущего отрасли, и всегда выделялся профессиональным подходом к их освещению.
«Команда формировала свое мнение, не занимая чьих-либо позиций, но при этом всегда выслушивала все точки зрения, или как минимум предлагала их высказать — на страницах журнала, на мероприятиях. Это то правило, которому проект следует все 30 лет», — отметил В.Прокофьев.
Именно в этот период окончательно оформились и закрепились базовые принципы издания — компетентность, объективность и корректность. Компетентность предполагала глубокую, профессиональную и при этом понятную аналитику. Объективность выражалась в представлении разных точек зрения. Даже при том, что позиция журнала традиционно характеризовалась как умеренно-либеральная, слово предоставлялось представителям различных лагерей.
Так, в разгар обсуждений реформы, когда доминировала риторика в ее поддержку, на страницах журнала выступил бывший министр путей сообщения Николай Семенович Конарев — консервативный, но высококвалифицированный специалист. В своей статье он подверг реформу жесткой критике, заявив, что в существующем виде она не приведет к положительным результатам и что «колесо нельзя отделять от инфраструктуры». В дальнейшем часть его оценок получила подтверждение на практике.
Показательной стала и ситуация 2013 года, когда была подготовлена подборка материалов о реформе с целью представить спектр возможных альтернатив. В публикации приняли участие американский эксперт по железнодорожным реформам Рассел Питтман — сторонник модели вертикально интегрированных компаний «колесо — рельс» и создания в России нескольких конкурирующих структур вместо одного ОАО РЖД, а также профессор ПГУПСа, выступавший за горизонтальный принцип реформирования с акционированием укрупненных дорог как самостоятельных субъектов. При этом допускалось, что управление движением могло бы быть передано специализированному центру перевозок. Третья публикация отражала позицию в поддержку идеологии РЖД. Таким образом, читателям был предложен полноценный баланс мнений.
Этот выпуск вызвал критику со стороны руководства РЖД. «Как я узнал позднее, — говорит А. Ретюнин, — по поводу этой подборки даже состоялся разговор между президентом компании РЖД Владимиром Якуниным, который не скрывал своего недовольства попыткой, как ему показалось, подвергнуть ревизии проводимые РЖД преобразования, и его первым заместителем Вадимом Морозовым, который объяснял, что это была полемика, что она важна для рынка и вообще для пользы дела. Вот так полемика о свободе рынка породила полемику о свободе слова. В это время я одновременно работал главным редактором газеты «Гудок» и в этом смысле находился в достаточно уязвимом положении, но никаких решений, ни административных, ни каких-либо других не принималось, и вообще я узнал обо всей этой истории уже постфактум».