Следующий ключевой поворот произошел в августе 1998 года. На фоне начавшихся реформ в железнодорожной отрасли вышел первый номер журнала «РЖД-Партнер», который сразу получил федеральный охват. Издание перестало быть локальным и стало медиаплатформой для всей транспортной системы страны. Именно в этот период «РЖД-Партнер» начал выполнять роль связующего звена между государством, перевозчиком, операторами, грузоотправителями и экспертным сообществом, предоставляя слово всем участникам рынка и фиксируя происходящие изменения без прикрас и односторонних оценок.

В 1999 году редакция сделала следующий шаг, начав выпуск специальных приложений, посвященных деятельности железных дорог – филиалов ОАО «РЖД». Это было отражением усложняющейся структуры отрасли и растущего запроса на специализированную, прикладную информацию. В июне 2000 года журнал обрел узнаваемый логотип, который с небольшими изменениями используется и до сих пор, став символом стабильности и преемственности редакционной политики.

Начало 2000-х годов стало временем расширения не только тематического, но и технологического. В 2001 году было создано информационное агентство «РЖД-Партнер.ру», а уже в феврале 2002-го на сайте появилась электронная версия журнала – по тем временам новаторский шаг для отраслевого СМИ. В ноябре 2003 года была запущена обновленная версия сайта, существенно расширившая возможности оперативного информирования аудитории.
В январе 2003 года стартовало первое регулярное ежемесячное приложение «РЖД-Партнер Документы», в котором публиковался полный пакет нормативных актов, определяющих транспортную политику и правила организации грузовых перевозок. Для рынка, живущего в условиях постоянных изменений регулирования, это издание стало рабочим инструментом. В декабре того же года «РЖД-Партнер» выступил организатором I Международной конференции «Рынок транспортных услуг» в Санкт-Петербурге, положив начало масштабной дискуссионной площадке для профессионального сообщества.

Уже в декабре 2004 года в Москве прошла вторая международная конференция, собравшая более 500 участников из 18 стран. Именно тогда впервые была вручена премия «Партнер ОАО «РЖД», что стало важным признанием роли журнала как ключевого информационного партнера отрасли. В октябре 2004 года «РЖД-Партнер» стал первым СМИ – членом Координационного совета по транссибирским перевозкам и Ассоциации морских торговых портов России, укрепив свой статус не только наблюдателя, но и активного участника отраслевого диалога.

2005 год ознаменовал выход проекта за пределы страны. В марте вышел первый номер англоязычного журнала The RZD-Partner International, ориентированного на иностранную аудиторию, заинтересованную в системной информации о транспортном рынке России, стран СНГ и Балтии. В том же году журнал стал генеральным информационным спонсором крупнейшей транспортной выставки СНГ «ТрансРоссия», сотрудничество с которой продолжается по сей день, а также был удостоен звания лауреата XI Всероссийского конкурса журналистов «Экономическое возрождение России».
В 2006 году «РЖД-Партнер» представил на выставке «ТрансРоссия» проект интервью-студии «Открытый разговор», предложив новый формат публичной коммуникации. В июне того же года журнал стал лауреатом национальной премии «Золотая колесница», а в Санкт-Петербурге организовал крупный транспортно-логистический форум с участием делегаций из 16 стран. Эти события совпали с периодом активной интеграции России в международные логистические цепочки, и редакция последовательно отражала этот процесс на своих страницах.

В январе 2007 года журнал начал выходить дважды в месяц, реагируя на ускорение отраслевых процессов и понимая необходимость предоставления оперативной информации. В том же году линейка международных проектов пополнилась изданием на китайском языке «РЖД-Партнер Интернешнл Китай», что стало важным шагом в развитии диалога с азиатскими партнерами. Параллельно продолжалось развитие тематических приложений – «Порт», «Контейнер», «Машины и оборудование», которые выходили как отдельными выпусками, так и в составе основного номера, отражая усложнение логистических цепочек, рост контейнеризации и необходимость обновления транспортно-машиностроительного потенциала.

Период 2008–2010 годов стал временем тематической диверсификации. Выходили отраслевое издание «Энергетика сегодня», журнал «Саморегулирование и бизнес», а также практико-ориентированные бюллетени «Как стать поставщиком» и «О главном». В эти же годы редакция начала издательскую деятельность, выпустив в 2008 году монографию Андрея Гурьева «Из тупика», а в мае 2010 года – иллюстрированный альбом «Петербург железнодорожный».

В 2011 году «РЖД-Партнер» запустил «Индекс качества услуг на железнодорожном транспорте» – первое в отрасли регулярное исследование, основанное на оценках самих потребителей этих самых услуг, а именно грузовладельцев. Этот проект, выходивший в электронном формате до 2024 года, стал важным индикатором реального восприятия железнодорожного сервиса рынком, оценкой преимуществ и недостатков качества услуг на сети РЖД.

С 2013 года редакция начала активно развивать формат деловых семинаров, открыв цикл мероприятием по практическим вопросам применения Единого сетевого технологического процесса. Далее, в 2014 году, в Хельсинки состоялся I Международный форум «Зеленая логистика», обозначивший внимание издания к экологической повестке задолго до того, как она стала мейнстримом.
С 2018 года «РЖД-Партнер» запустил собственные ежегодные мероприятия, начиная с семинара «Грузовая панорама», а в 2019 году к ним добавились форумы «Подвижной состав: производство, эксплуатация и ремонт» и «Логистическая панорама». В том же году на сайте был представлен электронный справочник компаний транспортного рынка – важный шаг в сторону сервисной цифровизации.

2020 год стал испытанием для всей отрасли. В условиях пандемии редакция впервые провела онлайн-семинар, а затем запустила дискуссионный клуб «Открытый разговор» в цифровом формате. В декабре того же года международная конференция «Рынок транспортных услуг: взаимодействие и партнерство» впервые прошла онлайн, а позже перешла в гибридный формат. В этот период вышли книги «Времен связующая нить…» и «Дети войны», открывшие новую издательскую серию, посвященную памяти и людям, связанным с железнодорожной отраслью. В ноябре 2020 года журнал получил диплом «Лучшее отраслевое СМИ» Всероссийского конкурса «Экономическое возрождение России».

В 2021 году был запущен ежемесячный обзор «Ставки и грузовые вагоны», который со временем стал самостоятельным исследованием, а также вышла книга «Живу и помню». В сентябре стартовал журнал «Смарт-Партнер Индустрия», посвященный инновациям и высокотехнологичным решениям в промышленности. В том же году «РЖД-Партнер» стал генеральным информационным партнером выставки «ЭлектроТранс».

С 2022 года ежегодно проводится конференция «Цифровизация на транспорте», а с 2023 года – форум «Операторский бизнес: экономика, качество, технологии». В эти годы продолжилась активная издательская программа: выходили книги «От ЭР-200 до «Сапсана», «Я говорю с тобой из Ленинграда», «Первопроходцы», дополненное издание «Всегда Ваш. Вадим Морозов», а в 2024 году – «Владимир Прокофьев: дорогу осилит ведущий».

С февраля 2024 года «Ставки и грузовые вагоны» перешли в полноценный web-формат, а в ноябре 2025 года было запущено новое исследование «Контейнерные перевозки: цены и маршруты».

Декабрь 2025 года стал еще одной важной вехой: журнал «РЖД-Партнер» был удостоен Евразийской премии «Магистраль Awards – 2025» за проект «Транспорт – женское дело», отмеченный как лучшая медиаинициатива на транспорте. В том же году вышла книга «Путь Промышленного Железнодорожного Транспорта: Люди, Техника, Время».

Сегодня, в 2026 году, отмечая 30-летие, проект «РЖД-Партнер» продолжает развивать деловые семинары, форумы, аналитические и цифровые проекты. За эти годы отрасль изменилась кардинально – от реформ и приватизации до цифровизации и экологической повестки. Но неизменным осталось главное: стремление редакции быть объективной, непредвзятой и профессиональной площадкой, где слышен голос каждого участника транспортного рынка и где всегда в фокусе – самые актуальные и проблемные вопросы. Тридцать лет в пути – и этот маршрут продолжается.